تنوع زیستی اصفهان شامل پرندگان، پستانداران کوچک و بزرگ، و انواع خزندگان است که هر کدام نقش خاصی در اکوسیستم منطقه ایفا می‌کنند. در مناطق روستایی و کوهستانی، حیوانات وحشی مانند خرگوش، روباه، و انواع پرندگان شکاری حضور دارند که به تعادل طبیعی کمک می‌کنند. همچنین دامداری و نگهداری حیوانات اهلی مانند گاو، گوسفند و بز بخش مهمی از زندگی مردم این استان را تشکیل می‌دهد، و تاثیر زیادی بر اقتصاد محلی دارد. در محیط شهری، حیوانات خانگی نظیر سگ و گربه رایج هستند و نگهداری آن‌ها نیز با توجه به فرهنگ و نیازهای شهروندان متنوع است.

علاوه بر این، مشکلات زیست‌محیطی و کاهش منابع طبیعی بر زندگی و زیستگاه حیوانات در اصفهان تاثیر گذاشته است. افزایش شهرنشینی و تغییرات اقلیمی باعث شده برخی گونه‌ها به تدریج در معرض تهدید قرار بگیرند. اهمیت حفاظت از گونه‌های بومی و تلاش برای حفظ زیستگاه‌های طبیعی، موضوعاتی هستند، که در سال‌های اخیر توجه بیشتری به آن‌ها شده است. به همین دلیل، فعالیت‌هایی مانند آموزش مردم و ایجاد مناطق حفاظت‌شده در این استان به منظور حفظ تنوع زیستی در جریان است.