این استان به دلیل وسعت زیاد و پراکندگی جمعیت، دسترسی به مراکز درمانی برای همه افراد به سادگی امکان‌پذیر نیست و این موضوع، یکی از مهم‌ترین چالش‌های نظام سلامت در منطقه است. همچنین، کمبود نیروی متخصص و تجهیزات پزشکی به اندازه کافی، محدودیت‌هایی را در ارائه خدمات پیشرفته ایجاد کرده است. با این حال، تلاش‌های زیادی برای افزایش امکانات بهداشتی و آموزش نیروهای محلی صورت گرفته است که به بهبود شرایط کمک می‌کند. در این میان، فعالیت‌های بهداشتی اولیه و آموزش‌های سلامت نقش مؤثری در پیشگیری از بیماری‌ها و افزایش آگاهی عمومی ایفا می‌کنند.

از سوی دیگر، فرهنگ و شرایط اجتماعی منطقه نیز بر روند درمان تأثیرگذار است؛ ارتباط مؤثر با بیماران و درک نیازهای خاص آنان اهمیت زیادی دارد. مسائل مربوط به بهداشت مادر و کودک، بیماری‌های مزمن و همچنین سلامت روان، از موضوعاتی هستند که توجه ویژه‌ای می‌طلبند. به همین دلیل، برنامه‌های مراقبتی که به بومی‌سازی خدمات پزشکی می‌پردازند، نقش مهمی در ارتقای کیفیت زندگی مردم سیستان و بلوچستان دارند.